普濟殿建於明永曆年間，原為木造的觀音寺，取「慈航普渡眾生」之意，故名為「普濟寺」，兼具會館性質，提供往來旅客的宿息。其後因陪祀的池府王爺香火日盛，逐漸取代觀音，而由當地郊商鳩資擴建，池府王爺一躍而成主神，改稱「普濟廟」，成為臺南市內第一座王爺廟。傳云明寧靖王朱術桂常駕此廟遊賞，而改賜為「殿」。

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