施琅原名郎，自尊侯，號琢公，福建晉江人。琅為次子，生於明熹宗天啟元年（1621），卒於康熙35年（1689），自幼孔武有力，他同時代的陶元藻描述他「貌魁梧，方頭廣額，臂力絕人」，是天生的軍人。他不僅有勇力，還有智略，明朝末年，賊寇蜂起，施琅應募從軍。施琅為明鄭成功部屬，後投清任水師提督，有功於朝廷，封靖海侯。施公祠建祠年代大約是在清康熙35年左右，又名施琅廟或將軍廟，原是位在澎湖醫院前址的一座大廟，呈坐北朝南之勢。民國16年為建醫院，乃將原施公祠拆遷到此。現今施公祠外貌像廟又像民房，比較類似民間祠堂，裡面住著幾戶人家，百物雜陳。