西來庵是「余清芳事件」（即「噍吧哖事件」、「西來庵事件」）發生起源地，余清芳自1914年起即把此地做為總指揮所，策劃抗日革命運動。1915年直接與日警開戰，是日本治臺時期，臺灣人對日本人所作的最後且最大的武力抗爭。西來庵位在臺南巿，事件後被夷為平地，戰後原址，已為基督教的教堂。現位於臺南巿正興街的西來庵，是戰後新建的。

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