臺南孔子廟東北角有一座三層樓的建築，稱為文昌閣，是臺灣諸多孔子廟中極為特殊之建築。臺南孔子廟現有文昌閣之空間，一樓為方形，二樓為圓形，三樓為八角，二樓與三樓並且有尺度甚小之外廊。文昌閣屋頂一樓為四角簷飾。二樓為八角簷飾，三樓為八角攢尖頂，上置葫蘆。目前文昌閣二樓供奉文昌帝君，三樓供奉魁星，也因此有人亦將此樓稱為魁星樓。文昌閣是臺南孔子廟最高的建築，可登臨俯瞰孔子廟全區其他建築變化多端之屋頂。