2003年SARS席捲全臺，集集觀光也受到衝擊，假日火車站前總有抗議旗幟，這是由地方發起反焚化爐連署。1999年九二一大地震讓人口只有五、六千人的集集鎮家喻戶曉，農業是集集鎮重要的產業，鎮民初從觀光產業中走出地震陰影，然焚化爐的設立可能因此斷送經濟命脈，焚化爐預定地離鎮中心不到1公里的山谷中，居民憂慮焚化爐排放廢氣無法擴散，汙染物會集中在山谷中。
為反對南投縣府在集集鎮興建焚化爐，自救會前往環保局抗議，透過行動劇突顯反焚化爐，演員真情流露痛哭失聲。後公投投票率達六成八，97.88%投票，計6340位鎮民反對興建焚化爐，贊成90票、無效票47張。
時任集集鎮長的李崇慶表示焚化爐雖已通過環評，但公投還沒有法源下，環評應該要有但書即與當地取得共識才興建；2003年環境保護會40位成員由前鎮長黃炎明率眾到立法院及行政院遞送公投結果、再次表達反對興建焚化爐的陳情書。
因焚化爐興建地點在南投縣，環保署尊重縣府決定，時任縣長林宗男表示縣府陷入兩難，將公投結果作為參考是否興建第一座民有焚化爐興建的資料。 在2003年公投反焚化爐事件後，民眾推動垃圾減量與廚餘再利用成效顯現。全國反焚化爐抗爭運動突顯人民對垃圾政策的質疑，政府對源頭減量不積極努力推動的是末端的焚化爐，本末倒置下造成焚化爐已供過於求。
