所謂污水，多半指都市生活所產生的營業及民生污水，包括廚房的洗滌水、油污，廁所的糞尿水肥、浴室的洗澡污水等。為了解決大臺北的污水問題，民國75年（1986）通過「臺灣省臺北近郊衛生下水道系統計畫」，因為污水處理廠預定地就在考古遺址上，接著就發生了轟動一時的搶救十三行遺址事件。不過工程仍然於民國81年（1992）開工，民國88年（1999）7月正式運轉。
管線送來的都市污水，進場之後先篩除大型固體物質，再經曝氣沉砂池去除砂礫後，送入沉澱池，以去除大部份懸浮固體物及有機物質。
沉澱後的一部份污水經過回收處理，作為廠區用水，其餘的則經過消毒後，經海洋放流管排放到臺灣海峽裡。而沉澱的污泥經濃縮後，泵入那6個蛋形消化槽內，以分解有機物，再脫水製成污泥餅，最後送到垃圾場掩埋。
雖然大部分的十三行遺址已經被破壞，在污水處理廠區內仍保留著一塊地，可供後續考古調查。
