松園別館考古遺址位在花蓮市美崙溪口左岸，菁華橋北側的台地上，為一個狹長沿著河口向東傾斜的高地，隔著美崙溪與花岡山遺址南北對望。遺址範圍遭中美路與海岸路切穿，除了松園別館為日治時期以來的軍事建築，中山橋北側早年也因牧靈中心蓋大樓而受影響。本遺址含有花岡山文化（距今3500至2000年前）與東部繩紋紅陶文化（距今4000至3000年前）。遺物有陶器如陶環、陶製紡輪、褐色夾砂陶、黃褐色夾砂陶、紅色素面夾砂陶、褐色泥質陶；石器有石斧、石鏃、石錘、石鋤、刮削石器、石刀。1992年（民國81年）王天送的紀錄為菁華橋頂遺址（遺址範圍位於美崙溪菁華橋附近高地），由於菁華橋頂並非地名，因此後來改稱該範圍為「松園別館」考古遺址。遺址等級共區分五個等級，分別為已定等古蹟、與定等古蹟同等重要、重要性遺址、一般性遺址、點狀分布性遺址。本遺址為一般性遺址。