富源考古遺址位於瑞穗鄉舞鶴村富源聚落北側，為虎狼山東南方稜脈前緣山麓緩坡，興泉圳從山腳下流過，沿著日本神社往上均為遺址範圍。遺址中心西北距杏林農場一帶約600公尺，東距臺9線約600公尺，南距富源國小約300公尺。文化類型為卑南文化，距今3500至2000年。遺物主要分佈在富源村昭和8年（1933）所建日本神社周遭一帶的丘陵緩坡，石器計有磨製玉鏃、打製石斧、打製石鋤、石杵、石刀等遺物；陶器數量也很豐富，例如淡紅色灰胎夾中砂素面陶、紅色夾細砂素面陶等。日本神社目前僅存石燈與鳥居雙柱基座，鳥居旁建有幾座現代墳墓。遺址範圍緩坡地早期主要種植檳榔旱作，地表植被不佳，山腳下因灌溉溝渠的整建造成破壞，所幸遺址保存尚好。本遺址為花蓮縣的重要遺址。