馬立雲考古遺址位於瑞穗鄉瑞祥村，馬立雲部落與舞鶴台地中間，紅葉溪橋西南方約600公尺，為中央山脈往東北方突出的狹長低矮丘陵前緣的農田。遺址範圍除了農田以外，在低矮丘陵區域亦有竹林與荒棄檳榔園。遺物分布在該低矮稜脈前緣的平緩農田上，僅採集到幾件打製斧鋤形器、石杵殘件與石鋤。文化類型與年代不詳。本遺址為民國93年（2004）1月15日鍾國風、宋文增、陳俊男新發現登錄的遺址。遺址等級共區分五個等級，分別為已定等古蹟、與已定等古蹟同等重要、重要性遺址、一般性遺址、點狀分布性遺址。此區為花蓮縣一般性遺址。