繼高雄港第一期清港工程竣工後，第二期清港工程將於1958年（民國47年）4月正開工清除，預計450天後高雄港外港水域海底下的障礙物全數清除。

第二期清港範圍為高雄港防波堤口至內港口間所有船舶活動區域，除西子灣海水浴場外，已包括全部外港之面積在內。浚港處已於內港口南岸設有臨時工房，集中清港器材及人員積極全面展開工作。在清理範圍內，離信號臺西北方150公尺處經事先調查尚有部份新潮丸及南進丸2艘沉船殘骸埋沉於港底，必須施以爆炸解體並動員挖泥船及起重船等參加打撈方能施工，上項打撈工作亦將併於清港工程中辦理。

此期工程之施工方法，除前述2艘沉船施以爆炸解體外，其餘地區仍將採用拖錨法及水下搜索法辦理，預定每日平均派出潛水工作組2至3組，以求徹底，惟外港風浪較大，常受天時限制，故雖面積遠較內港為小，而施工亦需1年半之久始能竣工，全部工程費預計約需50萬元，其中包含購置抽砂機及潛水工作舢舨等加強打撈之設備費用。本期工程預計可打撈廢什物件甚多，包括估計約有100餘噸以上之廢鐵鈑在內，此項清港所獲之有價廢品均將分批交由材料課標售抵充清港工程之費用。