軍旗是繡有軍隊番號的旗幟，番號依單位編制列於所屬軍種軍旗旗桿側，平日置放該單位主官辦公室，如：連長室。在主官辦公桌後方，軍旗與國旗、戰鬥旗一同插立在旗座上，由左至右為軍旗、國旗、戰鬥旗，其中軍旗、戰鬥旗具戰鬥性質插尖形旗茅，國旗插圓形旗頭。三者國旗最大、軍旗次之，但如果旗座只有一孔，則軍旗優先放置。遇到青年節春祭、軍人節秋祭等軍隊重大節日，軍旗則由身高、儀態均達標準的旗手掌旗。

軍旗由主官本人負責平日維護清潔，一般士兵不會有碰觸的機會。它被視為隊運的神聖象徵，通常旗幟前主官會自設香爐，固定每日早上對旗幟上一柱香，冀求隊運昌隆，弟兄平安。相反的，如果旗桿斷裂、旗幟倒地，則會視為全單位將有不祥的厄運。另外，一隊不會同時有兩隻軍旗，經司令部核備同意製作新旗後，舊旗如破損應燒毀，如裁編應上繳由國防部或轉隊史館統一保管，有多餘者皆為復刻。

至今，陸軍東引地區指揮部保留過去憲兵第一九五排的軍旗一面。