相傳東莒福正天上聖母廟肇建於清朝，1983年（民國七十二年）委請工兵重建為現貌，落成之日，龍虎部隊和光武部隊奉獻「護國佑民」匾，1985年正月初一亦有燈塔連敬獻「佑我平安」匾。

馬祖列島廟宇多半為部隊派兵工協助改建，廟中的對聯和匾額，經常可以清楚呈現戰地政務時期「軍民一家」之關係，其中最具冷戰時期代表特色者，正是福正天上聖母廟之對聯，上款為「國恨家仇誰不知消滅共匪定千秋」，下款為「親恩兄義一身殉感動人心傳百世」，軍事意味濃厚。該對聯是以水泥塑字，再覆漆著色，以水泥製作仿廟宇木柱（漆成紅色）之作法，亦是馬祖地區廟宇一大特色，或與軍方構工時水泥數量最足有關，上述對聯之呈現方式，頗具視覺美感，值得留意。