1987年台澎地區解除戒嚴後，臺灣憲政改革逐步推進，馬祖地區也在1987年10月9日由行政院核定成立連江檢察官辦公室，負責執掌刑事偵查等業務。
據《今日馬祖》革新板77年7期10月號報導，在連江檢查官辦公室成立前，馬祖地區刑事案件係由連江縣政府軍法室審理；成立後，該辦公室是屬於福建金門地方法院檢察處下的單位，負責形事案件審查工作。屆滿周年時，由時任連江檢察官辦公室提供一年來的偵查案件狀況，1987年10月至1988年8月共受理24件、起訴11件，不予起訴為13件；其中傷害罪件數最高有7件，再來是妨礙公務4件等，羈押被告人數為0，若屬告訴乃論，檢察官多會勸導兩方和解處理。另外，因馬祖沒有監獄，若出現關押案件，當時則會由基隆地方法院檢察處代為執行。
