位於臺東新港漁港內的萬善爺廟，主祀神為萬善爺公，同祀神大眾爺公、有應公，左側設地藏王菩薩碑與專用金爐，右側則立「本境無祀男女善緣等眾之神主」碑。廟內另供奉一尊長3.6公尺、重200公斤的木雕旗魚神，為萬善爺廟的一大特色。

早在戰後時期，萬善爺廟現址已設有簡易小廟供人祭拜無主孤魂，直至1956年（民國45年），地方人士李益義造訪臺南南鯤鯓萬善堂時，將萬善爺的分身迎回成功鎮建廟。2000年（民國89年），漁民為感謝萬善爺公庇佑，特地製作木雕旗魚神像，此後每年旗魚神均會參與成功鎮元宵節遶境及旗魚祭。

目前萬善爺廟的管理型態採取管理人制，每年以卜杯方式選出爐主，6月17日有應公誕辰、8月24日萬善爺公誕辰與10月22日大眾爺公誕辰，為廟內的主要祭典。此外，前往祖廟南鯤鯓萬善堂進香，亦是萬善爺廟的重要活動。