1999年（民國88年）921地震造成分局廳舍倒塌全毀，全部拆除重建。

埔里警察分局於日治時代為臺中州能高郡能高警察課，1945年（戰後初期民國34年）能高郡改隸臺中縣能高區，區設警察所，埔里分局隸屬臺中縣警察局，轄管28個里。1949年（民國38年）改制為警察分局，稱為「能高分局」。1950年（民國39年）南投縣成立，改隸南投縣警察局，1951年（民國40年）改稱為「埔里分局」。埔里分局原址位處現今埔里鎮合作金庫銀行埔里分行現址，1981年（民國70年）因廳舍老舊遷建於現址，1983年（民國72年）落成啟用。