下淡水溪平原即屏東平原，自康熙中葉至乾隆嘉慶以來，粵東客家人移民開墾已有百餘年歷史，形成聚落大小庄近百個，為感念渡海時媽祖保佑，六堆先民興起建廟奉祀的念頭，加上此媽祖是由六堆大總理鐘麟江自中國莆田湄州祖廟分香來台，因此在清嘉慶8年(1803年)，鍾麟江向各庄父老募款建造，故在清光緒20年(1894年)編纂的「鳳山縣采訪冊」中有記載「天后宮，在內埔莊街(港西)，縣東四十里，屋五間，嘉慶八年鍾麟江倡建，清道光二十九年(1849)舉人鍾桂齡重修，廟租三十六石。」，文中寫的位置就是現在內埔鄉廣濟路與光明路交叉口處，可謂是重要的六堆信仰中心。

日治時期推行皇民化運動，天后宮亦受影響，內部神像被毀，改祀日本的神祇，於民國34年(1945年)重建，雖經多次修繕，廟內仍保存許多古匾及石碑，但是廟內古物經戰亂及皇民化運動的摧殘，早已大量散失。民國74年(1985年)內埔天后宮就被內政部指定為三級古蹟，後來在文資法修法後定為縣定古蹟。

六堆天后宮位在內埔龍頸溪畔南邊，廟宇左鄰觀音亭及昌黎祠，前方、右側為道路，後方則為龍頸溪，廟的方位座北朝南。媽祖廟左側觀音廟是日大正2年(1913年)興建的，昌黎祠創建年代清道光年間早期是私塾(內埔人的學堂)，天后宮整體廟宇是縱身長之木構架體系，為抬樑式與硬山擱檁式混合法作，風格多樣，深具潮、漳等地工藝特色。格局以天井分出三門殿與正殿間夾拜殿形成一特殊的「工」字形廟宇建築平面，面寬約九公尺，深約十八公尺。廟是三殿三開間的建築格局，前有兩根龍柱，內殿四支點金柱形成的圓，此圓前後外接圓，將整個三等分，再由中軸線分成六個矩形，使複雜空間潛藏著幾何結構，呈現協調之美。三川殿正殿的龍柱為單龍雕刻，三川殿為昇降龍正殿係蟠龍，都是龍首在下，龍尾在上，有著清領時期的風貌，三川殿龍虎門前的石枕，與一般形式不同，正殿供奉的是紅面媽祖，兩旁則是千里眼、順風耳。左側為註生娘娘右側是福德正神香座位，正殿中央藏在神桌間的石香爐，仍保有客家古老風俗，民國79年(1990年)廟內、外彩繪重作，民國84年(1995年)12月天后宮全面整修，整修時依照廟內棟架風格，山門、拜殿、正殿分別包括了漳州、泉州及潮州等師傅的手法。天后宮正殿掛有嘉慶年間古匾「恩庇水陸」、咸豐年間古匾「慈航普渡」、同治年間古匾「寰瀛覆冒」。加上「奉憲封建古令埔」、「建造天后宮碑記」、「文宣王祀典引」等碑碣。現今的天后宮雖然鮮少像往日六堆義勇軍開會那樣，被作為公共事務的發聲之處，但也是內埔聚落中相關祭祀活動如新年祈福、完太平福、七月半普渡也都選在天后宮廣場前舉行，連同旁邊的昌黎祠是六堆人著名的精神寄託，也是六堆客家馳名在外的觀光景點。