臺南市文史協會於1958年7月14日取得人民團體立案證書，證書字號為「南市民社字第壹玖叁號」，證明臺南市文史協會已依法組織完成，獲准立案。當時創始會員石暘睢先生在台南市立歷史館任職，因而會址設於臺南市赤崁樓歷史館，負責人為第一任理事長顏興先生，並有市長葉廷珪的簽章。2006年臺南市文史協會為出版《文史薈刊》復刊第七輯申請國家文化藝術基金會補助，當時由於1958年頒發的立案證書過於老舊、不符合政府認定格式，因而依規定換發新證書。
1958年6月29日在臺南市立歷史館召開臺南市歷史文化協會成立大會，會中正式將團體名稱定為『臺南市文史協會』。本會創會宗旨為：一、舉辦集體採訪，蒐集各種史料。二、舉辦各種座談會、展覽會，並聘請學者名流演講。三、與各學術單位交換文獻。四、出版年刊或季刊及各項典籍。
臺南市文史協會是戰後第一個成立的民間文史研究團體，廣納不同專長領域的文史愛好者加入協會，透過共同踏查、交流凝聚文史研究力量，協會成員的努力奠定了戰後臺南史/臺灣史研究的基礎，讓後人能透過他們的論著及存留下的文物認識臺灣歷史。
