在約20年的救災、防災、整治與棲地經營過程中，為了解及監測九份二山地震紀念園區的生物資源，水土保持局自2003年開始就委託台灣大學及相關的工程顧問公司的專家學者進行植被與生態復原成果的研究，並特別於2016-2018年委託農委會特有生物研究保育中心辦理區內與周邊生物多樣性調查。
調查結果共記錄野生動物701種，包括哺乳類37種、鳥類98種、兩棲類21種、爬蟲類41種、魚類26種、蝦蟹類7種、蝴蝶類156種、蜻蛉類40種、甲蟲類86種、蜘蛛類158種、蝸牛類31種，其中瀕臨絕種保育類野生動物有石虎 1種、珍貴稀有保育類野生動物18種及其他應予保育類野生動物17種；植物則記錄有789種，包含瀕危種2種、易受害9種、接近威脅7種，屬於特有種及特有亞種共86種。
此調查成果於2018年12月彙編成《九份二山生物資源解說圖鑑》10套書。這些寶貴資料不僅為九份二山留下重要的生態紀錄，亦將是推廣環境教育的優良教材。
