當宗教遇上法律，也就是宗教作為行政的一環，在我國多元宗教的環境下更形複雜。除了還在審議過程中的宗教團體法草案，大大小小的行政命令占了宗教法律的主要部分。當我們質疑監督寺廟條例的不合時宜，並著手進行宗教團體法草案的推動時，這些作為宗教行政最主要法規依據的行政命令，其爭議和合憲性卻常被忽略。本文即從最高法院95年臺上字445號民事判決出發，分析內政部民政司「辦理寺廟登記須知」的問題和爭議。再從與宗教團體最為相關的概念－「宗教團體自治」著手，建構其保障內涵。最後從宗教團體自治所建構的保障內涵，回頭檢討「辦理寺廟登記須知」涉及的問題。