早年臺東市崎仔頭地區原無任何廟宇,有宗教信仰移民均須前往外地拜廟,直到1966年(民國55年),村內濟公信徒決定雕塑濟公金身,從煙仔寮濟化殿分靈回村,首先在村人郭建賢自宅設壇祭拜,沒多久村民再增加玄天上帝金身與濟公合祀。隔年,信徒林樹獲捐獻土地,由村民集資蓋成磚造紅瓦平房,即為最初的北極宮樣貌。
1972年(民國61年),木柵指南宮董事長高忠信率團造訪,獲得村民熱烈歡迎,高忠信深受感動之餘,除捐贈一尊孚佑帝君神像,亦決定協助北極宮的新建計畫,主動聘請建築師、堪輿師規劃、捐助建材,從此奠下兩廟情誼。新建工程從1974(民國63年)動土,主殿率先於1977年(民國66年)完成,外殿主體工程也在1980年(民國69年)竣工,廟地則由管理委員會,以向區台會標會的方式擴增。後來木柵指南宮舉行清醮大典,北極宮派信徒協助,因而與香港青松觀結緣,北極宮三川殿外牆的石雕裝飾、一對抱鼓石即由青松觀捐贈。
現在北極宮的前殿為三川門,後殿為主殿,主祀北極玄天上帝,同祀神明有濟公活佛、孚佑帝君、關聖帝君、神醫華陀,池府、莫府千歲;左右側神龕則供祀清水祖師、地藏王、觀音菩薩、九天玄女、陳靖姑、註生娘娘等神明。
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