早年臺東市崎仔頭地區原無任何廟宇，有宗教信仰移民均須前往外地拜廟，直到1966年（民國55年），村內濟公信徒決定雕塑濟公金身，從煙仔寮濟化殿分靈回村，首先在村人郭建賢自宅設壇祭拜，沒多久村民再增加玄天上帝金身與濟公合祀。隔年，信徒林樹獲捐獻土地，由村民集資蓋成磚造紅瓦平房，即為最初的北極宮樣貌。

1972年（民國61年），木柵指南宮董事長高忠信率團造訪，獲得村民熱烈歡迎，高忠信深受感動之餘，除捐贈一尊孚佑帝君神像，亦決定協助北極宮的新建計畫，主動聘請建築師、堪輿師規劃、捐助建材，從此奠下兩廟情誼。新建工程從1974（民國63年）動土，主殿率先於1977年（民國66年）完成，外殿主體工程也在1980年（民國69年）竣工，廟地則由管理委員會，以向區台會標會的方式擴增。後來木柵指南宮舉行清醮大典，北極宮派信徒協助，因而與香港青松觀結緣，北極宮三川殿外牆的石雕裝飾、一對抱鼓石即由青松觀捐贈。

現在北極宮的前殿為三川門，後殿為主殿，主祀北極玄天上帝，同祀神明有濟公活佛、孚佑帝君、關聖帝君、神醫華陀，池府、莫府千歲；左右側神龕則供祀清水祖師、地藏王、觀音菩薩、九天玄女、陳靖姑、註生娘娘等神明。