位於臺東平原知本溪北側的知本一帶，土地肥沃，卻長年苦於水患。1879年-1880年（光緒5、6年）間，臺灣知府袁聞柝曾募集漢人建立「路旁莊」，成為臺東平原第一處農墾漢人村落，然而光緒15年卻慘遭洪災滅村，直至日治時代後期才漸有漢人移居。1947年（民國36年）臺東順天府蘇府千歲出巡繞境，行經此地時發出諭示駐境清溪，居民迎回蘇府千歲令旗祀於民宅，隔年才雕塑金身，並於臺東市知本路三段以茅草竹架搭建簡陋廟宇，即為知本代天府。廟內主祀蘇府千歲、池府千歲、五年千歲，配祀馬官。之後歷經多次整建，加蓋前殿、鐘鼓樓，1992年增建金爐、牌樓，始有今日之樣貌。

知本代天府的正殿除了主神蘇府、池府、五年等三位千歲，同祀神還包括關聖帝君、濟公活佛，左側祭祀中壇元帥及原來蘇王爺令旗、五營元帥令旗；右殿供奉註生娘娘、觀音菩薩及孔子神像，左、右廂房則是地藏王等神主牌。其中池府千歲原本供奉於太麻里美和民宅，由知本信徒特地請至代天府；來自雲林縣褒忠鄉馬鳴山鎮安宮的五年千歲，原先是由移民臺東的彰化埤頭人黃波在家供祀，後來在蘇府千歲設壇時獲得邀請，轉而迎往代天府供奉。目前知本代天府信徒雖以閩南、客家漢人為主，但近年來卑南族信徒也在與日俱增。