日治末期，一群來自臺南學甲、麻豆的百姓，遠赴臺東卑南地區定居拓荒。由於艱辛的開墾過程加上流行疫病頻傳，1947年（民國36年）有人特地返回臺南，從學甲慈濟宮分靈迎來保生大帝黑令旗及池府千歲古佛金身，並於臺東市南清街蓋起簡易寺廟，即為南清宮最早樣貌。之後於1960年（民國49年）的翻修工程改建為瓦厝建築，到1981年（民國70年）再由信徒籌措經費，重新落成為如今的廟宇外觀。

南清宮的主神為保生大帝，同廟祭祀的神明還包括池府千歲、吳府千歲，以及田都元帥等，因此廟內主要祭典儀式為農曆3月15日的保生大帝誕辰。另外6月24日的田都元帥誕辰，也會有酬神活動。生前為唐代樂官雷海清的田都元帥，死後被尊為音樂之神，又稱宋江爺。30多年前來自臺南的鄉親，也是卑南、南王一帶的居民，特別創立附設於南清宮的宋江陣，成為臺東縣寺廟唯一的宋江陣隊伍。

南清宮宋江陣經常在臺東的重大活動出陣，例如中華大橋與南迴鐵路等建設的完工通車典禮，以及每年元宵節的遊境出陣，兼具宣揚傳統文化與驅邪祈福的目的，過去也曾前往臺南學甲、麻豆等地，參加大廟的建醮儀式。