在高等教育發展受到廣泛注意的今天，本文探討的是另一個鮮少人注意的議題，亦即存在台灣已經四十年以上的「基督書院」 。本文以「關渡基督書院」、「基督復臨安息日會三育永督學院」以及「聖德基督學院」三所學校為例，探討台灣的宗教與教育的關係當中，另一個值得注意的課題。

所謂的「基督書院」乃是指那些教導一般的高等教育課程，自行頒授學士學位，但在學校內全面實施宗教課程和禮拜活動，因而不合乎私立學校法規定，無法立案的學校。這類基督書院儘管名稱有異，並且有神學系這類以培養神職人員為主的學系，但其性質基本上乃是屬於「教會大學」。

在過去，雖然文憑不被官方承認，但它們強調實用課程，並且有較佳的英語學習環境，因此能夠吸引一部份在大學聯考中失利的青年就讀。並且，在不公開招生，並以教會所屬「宗教教義研修機構」的名義存在，教育部實際上並不加以取締。然而，近幾年我國大學入學錄取率快速提高，這類基督書院的學生來源正在流失。隨著政治環境的改變以及招生的壓力，申請立案是它們目前努力的方向之一。

基督書院問題的產生，和民國初年「收回教育權」運動的背景有關，我國後來的私立學校政策也一直受此一運動影響。另外，我國過去高度私人化但卻非市場化的高等教育生態，也是形成基督書院問題的原因之一。