圖為2020年甫整修完成之臺南市將軍區衛生所現照。

將軍衛生所前身為將軍鄉砂眼防治所，原隸屬臺南縣衛生院，於1948成立。1959年改隸鄉公所，建新平房，有一間主任辦公室、一間藥房、其餘三間供人員辦公。1974年還隸臺南縣衛生局。1980年，編有醫師（兼主任）、藥師、課員、防癆員、家計員、助產士、約聘工友等8人。將軍地區幅員廣大，為服務偏遠地區民眾，設有巷口、玉山、長沙、鯤鯓等衛生室，後因使用率不高陸續裁撤。

1988年將軍衛生所開辦群體醫療執業中心。隔年遷至現址，新建三層大樓，設有X光室、牙醫間、診察室、治療室、健檢注射室等，也應聘X光師與診務人員。1995年開辦全民健保業務，2003年開辦行動醫院，大幅增加人員業務。今編有醫師、藥師、醫檢師、6位護理師、單工等10人。

將軍地區的沿革是海線衛生所變遷的典型。早期政府重視公共衛生基礎建設，除衛生所外，更設有衛生室以偏遠區域民眾。公衛護士王雲華女士曾服務於長沙衛生室11年，雖隸屬將軍衛生所，但提供服務相近，冬日海風凜冽，她仍定時訪視，維護民眾健康。唯群體醫療執業中心、行動醫院等醫療業務開辦後，基層衛生業務轉向以醫療、篩檢服務為主。