埔里榮民醫院在1999年921大地震中，醫療大樓剪力牆龜裂，樑柱部份斷裂，天花板倒塌、水管斷裂、電梯卡住、發電機受損：急診室、手術室、加護病房、資訊室、放射科、檢驗科及各病房與醫療儀器，或受損或全毀，估計損失約六仟萬元以上，尚不包括醫療大樓重創前造價約三億八仟萬元之主體建築。

921地震當時，埔里榮民醫院的藥劑科值班及醫護人員，在地震當中進入醫院地下室，搶救出大量的藥品及衛材，並將藥品送給鎮內的另一所大醫院「埔里基督教醫院」急救傷患，使震災發生時埔里鎮第一線急救藥品不致匱乏。