埔里基督教醫院創建於1950年代，從早期的基督教山地中心診所，發展到埔里基督教山地醫院，再到現在的埔里基督教醫院區域教學中心醫院的規模。

埔里基督教醫院有現今280床的醫院規模，主要是因為921大地震後，埔里基督教醫院醫療大樓因為受到地震影響，導致建築物殘破不堪，在震後的首次董事會議中，決議優先以災後醫療救助與重建為主要目標，先將醫療人員投入在災後的戰地醫院醫療診治工作。

針對醫院的重建工程，董事會同時決議，將以埔里地區民眾的照顧需求來重新規劃設計埔里基督教醫院的醫院建物重建，邀請潘冀建築師詹任埔里基督教醫院的重建設計工作，並重建成現有埔里基督教醫院之規模。