1999年 （民國88年） 9月21日凌晨發生921地震，造成溪南國小原有兩棟建物一棟倒塌、一東需要補強整修。國軍弟兄很快就前來協助，9月28日協助學校做境消毒。次日（29日）至10月1日軍方派國軍弟兄協助搬遷北教室之各項設備，9月29日41名，9月30日、10月1日各15名。雖然經由屏東縣教育局協助復課，10月11日由承包商於司令臺下之場直跑道上搭建6間簡易教室，但仍不敷使用。10月16日先搭建4頂帳蓬充當臨時教室，18日另由國軍協助，以軍用帳蓬搭建4頂帳蓬充當臨時教室。