921地震後，社區內多數房屋倒塌、較無心力祭祀而將番太祖供奉在社區活動中心二樓；後又因祭拜者多為長者，不便於長時間上下樓，族人開始規劃建廟，在善心人士捐地及眾多人幫助下，建廟工程於2014年開始動工，2015年完工。

埔里蜈蚣社區是由噶哈巫族人開庄，過去族人從台中水底寮遷徙過來於此，因地理位置關係，常與高山原住民發生衝突，相傳番太祖及三太子曾顯靈解救族人以免於被「出草」，故而開始奉祀番太祖。後因集體改宗，改信基督教，及日本政府推動皇民化運動，番太祖信仰漸漸薄弱，改由虔誠的族人在九月紀念日時擲茭輪流帶回家中祭祀。

目前平埔番祖廟為蜈蚣社區平埔族群（噶哈巫族）的信仰中心，亦是南投縣唯一一座平埔族相關廟宇，廟內供奉著番太祖、三太子及財神爺。除過年祭祀外，平埔族人及漢人都會前往拜拜，請番太祖保佑。