1815年因郭百年事件，開始有中部平埔族群大批入墾埔里並遷移至埔里定居，原在水底寮社族群約在1851年間遷移至此，後稱作蜈蚣崙庄，因建設較晚故只能選擇埔里盆地的邊緣地帶生活。過去蜈蚣崙（Tauving）位於山地原住民與平埔族聚落的交界，因地理位置特殊，清朝政府曾在此建立「換番局」和軍營，作為防衛高山原住民的最前線；日治時期則設立「蜈蚣崙出張所」，作為物品交換據點，如今蜈蚣社區是國道6號交流道終點站社區，下交流道往右可至埔里市區，往左是埔霧公路的起點。
蜈蚣社區位於蜈蚣崙山腳下，為埔里最東邊，因蜈蚣崙山形似一隻蜈蚣而得名（並不是這裡有很多蜈蚣）。因地理位置及過去的歷史，造就現在族群融合的蜈蚣社區，居住著平埔族（噶哈巫族）、原住民、客家人、閩南人、榮民、新住民。依據耆老與居民回憶，過去社區有很多土角厝，但在921大地震時因無法承受巨大搖晃而倒塌，震災期間居民暫時居住在組合屋中，重建後社區房屋樣貌逐漸改變形式，原有的平房土角厝遂變成現在一棟棟的鋼筋混凝土製透天厝或平房。
近年社區發展協會開始重視當地原有的豐富生態資源及具有特色的噶哈巫文化，並進行生態學習、生態調查、文化保存、祭儀傳承及永續經營等活動。
