埔里鎮戶政事務所原隸屬埔里鎮公所戶籍課，行政院於1969年（民國58年）7月1日起試辦戶警合一，將鎮公所戶籍課裁撤，另設埔里鎮戶政事務所，原戶籍課人員全部併入戶政事務所，由南投縣警察局統一管理。1973年（民國62年）3月12日，戶政事務所隸屬縣警察局，戶政人員列入警察機關編制，同年（1973年）7月17日修正公佈〈戶籍法〉，正式成立南投縣警察局埔里鎮戶政事務所。1992年（民國81年）6月29日修正公佈〈戶籍法〉，同年7月1日起正式隸屬南投縣政府。