1999年（民國88年）921地震造成埔里地政事務所辦公廳舍全倒。地震發生後，埔里地政事務所經搬遷多處臨時辦公處，最後暫於南投縣綜合性身心障礙福利復健服務中心一樓辦公。其後南投縣政府為提昇行效率及方便民眾洽公，重建工作進行時，積極規劃將埔里鎮戶政事務所、埔里地政事務所、埔里衛生所、稅捐處埔里分處、國稅局埔里稽徵所合署興建位於中山路二段248號埔里聯合行政園區，於2002年（民國91年）10月開工，2004年（民國93年）8月全部完工驗收。埔里地政事務所同年10月18日遷移至埔里鎮埔里行政園區現址。