溪南國小的前身是1922年（日治時期大正11年）創立的埔里公學校生蕃空分教場。1927年（昭和2年）改名為埔里公學校溪南分教場，1940年（昭和15年）改名為溪南公學校。1968年（戰後民國57年）改稱為溪南國民小學。1999年（民國88年）921地震，造成北棟大樓教室12間、廁所2間、樓梯2座倒塌。11月1日組合屋教室完工啟用。災後由教育部撥經費2,193.8萬元進行校舍重建，由林景源建築師事務所監造、裕建營造股份有限公司承包施工。2001年（民國90年）4月16日開工，同年（2001年）10月31日完工，包括教室11間、廁所4間、樓梯2座。2003年（民國92年）3月31日校園重建完成後，將組合屋教室拆除。