埔里國小的前身為1898年（明治31年）創立的「南投廳埔里社公學校，校址原位於今埔里第三市場，1935年（昭和10年）遷移至現址。1946年（戰後初期民國35年）改稱為「臺中縣立埔里第一國民學校」。1950年（民國39年）南投縣成立，改稱為「南投縣埔里第一國民學校」。1999年（民國88年）921地震，造成校舍嚴重損壞，包括A、B、C、D、E、F棟教學大樓。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億9,749萬元進行校舍重建，由新雄建築師事務所監造、新亞營造工程有限公司承包施工。2000年（民國89年）6月25日開工，2001年（民國90年）9月21日完工，包括教室115間、廚房1間。