1999年（民國88年）921地震造成學校建物全倒，包括忠孝樓、仁愛樓、信義樓、和平樓、工藝教室1間及活動中心一棟。災後由慈濟慈善事業基金會撥款1億8,548萬元進行校舍重建，由陳明雄建築師事務所監造、泰有營造有限公司承包施工。2000年（民國89年）7月10日開工，2001年（民國90年）9月30日完工，包括教室79間、行政室14間、廚房1間及活動中心1棟。

埔里國中的前身是1943年（日治時期昭和18年）創立的「埔里家政女學校」，1945年（戰後初期民國34年）改稱為「台中縣立埔里女子家政學校」，由蕭木桂先生任校長。次年1946年4月22日改制為「臺中縣立埔里初級中學」。1950年（民國39年）南投縣成立後，更名為「南投縣立埔里初級中學」。所有教職員工及學生移至臨時教室上課。