位在埔里鎮上中心的恒吉宮，是埔里鎮上最重要的媽祖信仰。九二一地震時，恒吉宮後殿廟頂因為樑柱斷裂，掉落至三樓地板上，原先廟方想要拆除重建，但因為媽祖廟整體廟體建築損壞地方並不多，因此最後則是以修復的方式，將損壞的部分修復完畢。

恒吉宮主祀天上聖母，於清光緒時代由鹿港分爐至埔里奉祀。每逢農曆鼠年，埔里鎮都會以恒吉宮為主體，進行祈安清醮，是埔里鎮的大事。此外，每年的九月是埔里迓媽祖的時刻，不同於三月迓媽祖，埔里是因為在清光緒二十三年時（1897年）各庄頭出現缺水的旱象，經媽祖指示要與彰化媽祖一同探查水路解決旱象，而留下的埔里九月迓媽祖的傳統文化習俗。