埔里日南天后宮是一座道卡斯族平埔族信仰的媽祖廟，由台中大甲日南一代的平埔族在清咸豐三年（1853年），由林清安與庄民同遷居埔里房里日南庄，並從當時台中大甲日南慈德宮奉請媽祖金身來到埔里奉祀，以祈求保佑旅居埔里的日南人，能夠在埔里安居樂業開墾順利。

九二一地震後，日南天后宮為了撫慰災後災民心中的創傷與痛苦，聯合雲林北港朝天宮的天上聖母，一同到埔里來舉行遶境祈福活動，希望藉由北港媽祖到埔里來降福遶境，能夠帶給災後的埔里民中有所慰藉。