埔里瀛海城隍廟是屬於瀛海城隍系統，與霞海城隍系統有所不同。埔里瀛海城隍廟是埔里民間信仰的開端，於1846年由鹿津分憲北路理番同知，從台南迎請城隍尊神前來埔里鎮守，守護在埔里地區開墾的漢人。

埔里瀛海城隍廟於九二一地震時，廟體遭到嚴重震毀，從九二一震災後展開漫長的重建道路，終於在2019年九二一震災二十週年時完成重建工作，並盛大舉行入火安座大典，全台各地的城隍爺也依同前來埔里慶賀埔里瀛海城隍的入廟安座大典。

根據台南土城鹿耳門聖母廟之佛祖殿上正門牆柱上之對聯，可以發現埔里瀛海城隍廟的城隍尊神，當年隨著鄭成功經南瀛之海由台江登陸，因而加冠瀛海之稱號，成為台灣僅有的瀛海城隍。