1999年921大地震時，埔里基督教醫院的醫療大樓受到地震重創，在董事會的決議之下，邀請潘冀建築師於1999年開始，為埔里基督教醫院重新規劃設計院區。2003年，由趙文崇醫師接任埔里基督教醫院院長，並帶領團隊積極繼續完成尚未完成的醫療大樓重建工程，並於2005年的9月21日完工落成啟用，作為現今埔里基督教醫院主要的醫療大樓。

主體醫療大樓完工後，為了祈求埔里日後不再有大災難，取名為「平安樓」，並於平安樓七樓設立「九二一紀念堂」，紀念921大地震為埔里基督教醫院所帶來的重生。