1999年921大地震時，埔里基督教醫院的醫療大樓受到地震重創，在董事會的決議之下，邀請邀請潘冀建築師於1999年開始，為埔里基督教醫院重新規劃設計院區。在2002年2月，率先重建完成急診醫療及復健大樓，為埔里基督教醫院院區重建中，首先完成的一座醫療大樓，取名為「恩典樓」，主要是為了紀念基督教信仰中的上帝，在921震災，能夠保守埔里基督教醫院全院人員上下平安，並能夠平安順利完成院區的重建工程。

「恩典樓」的落成，也讓埔里基督教醫院能夠將埔里地區的醫療服務，從震災發生後臨時的戰地醫院，轉往進入正式的醫療大樓中進行服務，提供災後埔里地區的民眾有更好的醫療服務品質，成為埔里地區重要的醫療場域設施。