1983年，良顯堂基金會由創辦人陳綢偕同所有志工，在其夫婿林有海先生支持下推動設立「玉清宮良顯堂慈善會」，為良顯堂基金會的前身，從辦理清寒優秀學生獎學金，逐步拓展出就醫、救困、濟貧、輔導青少年等業務。

1999年921大地震前，創辦人陳綢為了讓慈善會的財務運用透明化，將慈善會轉型成「財團法人玉清宮良顯堂社會福利事業基金會」，作為良顯堂進行青少年業務的主要組織。基金會成立不久便遇到921大地震，基金會辦公室也受到震災嚴重毀損，創辦人陳綢除了全力投入災後青少年輔導，並協助鎮民進行重建工作。

地震後，基金會在大眾善心捐款之下，玉清宮良顯堂廟旁重建辦公大樓，作為基金會主要在社區中推動青少年服務的主要辦公室，並於2010年1月25日更名為「財團法人良顯堂社會福利基金會」，此辦公據點就成為埔里地區震後重要的青少年社區福利服務的場所。