北竿水部尚書公府主祀神為宋末民族英雄陳文龍，福建莆田人。據《明史禮志》卷五十，福州禮祀陳文龍與文天祥同時同登全國禮祀。閩江流域民間傳說陳文龍「因國難盡忠，赴水身亡。上帝嘉其忠心，封他掌理水部尚書之職，凡海洋皆屬所司。」明代列為海神奉祀，成為沿海漁民心目中護救舟船的保護神，並於清嘉慶十三年（1808年）齊鯤出使琉球冊封球國王時，將陳文龍奉為冊封舟上的護航神。據說在清中後期，閩江流域對於水部尚書信仰達到「終日商船祈禱不歇」的程度。