林勇於1968年（民國57年）4月3日開始記錄其整理臺灣總督府檔案的情形，截至1970年6月25日為止，詳細記載其整理檔案的保存別、年號、卷數、整理張數、完成日期及備考。從中可見，他總共經手處理了1897年（明治30年）、1901年、1903年、1908年、1909年及1911年（明治45年，亦大正元年）共六年的檔案，1903年有部分曾受吳家憲協助；保存別則包括甲種永久、乙種永久、進退乙種永久、永久追加、進退追加與永久特殊。

1967年10月11王詩琅致信林勇，信中述及臺灣省文獻委員會與中美人文社會科學合作委員會簽訂「台灣省文獻委員會編製日據時期台灣總督府檔案卡片目錄計畫」，預計將臺灣省文獻委員會收藏的台灣總督府公文書類篡製成目錄，此計畫原有陳奇祿、王世慶和王詩琅參與，後陳奇祿提出請林勇和莊松林共同參與工作，由林勇和莊松林專任工作，王詩琅與王世慶擔任兼職工作。王詩琅在信中也提到在編造目錄時可以把握機會進行研究。林勇與莊松林都擁有良好中、日文能力，且同樣在文史方面頗有興趣與研究，因此能勝任此翻譯、編造目錄卡片工作。

根據完成日期和備考的記載，可觀察出這項工作雖然繁雜，但也具備相當地彈性，如無強制須按照卷數整理、可攜帶檔案回臺南，若工作期間內有要事，林勇也會於備考說明事由，並於他日補回進度；備考也成為其另類的日記，不僅記載該日日程，也會將當時的天氣、生活概況一併寫入。