自1815年郭百年事件之後，清廷官方多次踏入水沙連地區勘查，亦更熟悉進入內山之路。如清道光9年(1829)姚瑩於所著《東槎紀略》清楚描繪水沙連古道之南北路徑。

當時進入埔里社有2條路，一條水沙連古道南路進入水沙連沿著外觸口、濁水溪向東行，越過集集的獅仔頭山（集集攔河堰旁的山），至集集舖（埔）、廣盛莊（集集街），越過更大的集集大山往東行，後到水里市區柴圍，之後進入二坪山往北逾雞胸嶺（土地公鞍嶺）、芊蓁林、竹仔林，走十五到水裏之頭社（魚池頭社），原住民開墾成又平又寬廣的田園。繼續走進入水社（水社碼頭東方約1.5公里的湖底），中間就是日月潭，可見潭裡的珠仔山（光華島），原住民皆遶山而居。更北行就到貓蘭社（魚池水社村文化巷），往北可至沈鹿（五城堡審鹿），迆西復入山後相當狹窄最為險要，就是「谾口」，後繼續往北才是埔里大社，地勢平闊，周圍30餘里。南北有2溪，皆自內山出；南為濁水溪源，北則是烏溪。

清總兵吳光亮開路入後山，大舉剪伐樹木修理崎嶇，凡有顛危之處，改易大異尋常，險阻頓平，自此行路之人可以走得很輕鬆。日治時期當21號公路尚未修築好前，水沙連古道依然是水里進入頭社、水社、埔里社的重要道路，也是埔里盆地主要出入的道路。