慚愧祖師信仰主要分佈靠山地帶，即舊時漢人開拓範圍最前線的漢番交界處，因慚愧祖師公為保護地方隨時降乩示兆，要民眾遵守不可入山以防萬一，遵守者得以平安，因此慚愧祖師被當地民眾視為守護神。
新寮靈鳳廟祖師公神異傳說在新寮長輩間多有傳述，清代下淡水溪有一戶人家請祖師公神像去為小孩收驚，由於非常靈驗，對方未將神像送回，將祖師公神像鎖在櫃子中，不讓祂回到新寮靈鳳廟。某日又將祖師公請出來辨事，不料抬鸞轎者迅速地往新寮狂奔而回，抬鸞轎者遇路則走，遇水則蜻蜓點水而過，跑到至靈鳳廟才停止。
後來法師訴之廟方人員，原來法師亦受靈感而作法，後法師連續睡了3天（一說抬轎者大睡7天，疲勞之故）。回程時祖師公給予每人兩銅錢，告之一次只可花其中一枚，每次皆自動生出一枚，故眾人的口袋中永遠有二枚銅錢，其中有一人不信，將兩枚皆花掉，結果，他的口袋内就再也無生出銅錢。
此外，祝生廟慚愧祖師公亦有許多治病、解厄等事蹟，大公神像的腳指在開光後即掉了無名指及小指二根腳指，一直沒辦法修復，原因是「因年紀七歲時施法治山狗精，被山狗精咬掉二隻腳指，所以才會一直維持這樣」。祖師至鹿谷的故事中有其孩童時期的靈異事蹟，故祝生廟祖師公的乩童也有孩童擔任，其神像亦有刻成孩童臉型者。
