1985年3月23日《馬關條約》將臺灣澎湖「永遠讓與日本」，9月8日日本守備隊經南投、集集，集集居民攝於日本軍威，不敢抗敵，反而造橋修路，大獻殷勤。日軍於集集宿營一夜，留守若干士兵和憲兵，取道水沙連南路經社仔、攀越土地公鞍嶺進入埔里。
日治時期明治29年（1896）1月日本設憲兵屯所於集集街媽祖廟，6月竹山民軍300人聯合集集埔20人，清晨圍住媽祖廟，攀登屋頂向內射擊，殺死憲兵14人，其餘守備隊亦竄逃南投。過幾天一名日本上等兵從埔里進到集集，被10餘名民軍狙擊，退逃至濁水溪邊人馬俱斃。7月16日上午4時松居大隊討伐隊啟程竹山，經集集到埔里，臾之間從四面放火，柴橋頭、八張、半路店及吳厝庄，本為屋宇稠密之聚落，火燒後遂成一片荒埔，居民逃入深山窮谷藏身，或遠走他鄉，田園荒蕪，市井頹廢，一片蕭條。11月24日日軍才又回到集集街設置憲兵屯所。據派出所報告：居民歸返不甚踴躍，蓋起木棚者僅1、2戶，外部雖無異狀，內部殺氣橫溢，一旦事起，彼無家可歸之徒，可想而知。據聞集集堡僻壤多臺人，企圖再起。
1896年至1902年集集一帶民軍結寨於集集大山約500餘人，不時狙擊集集與埔里之間往來的日本士兵與憲兵，與日軍展開游擊式的對峙，1902年4月被誘投誠後集體被屠殺。
