竹山三元宮位於南投縣竹山鎮雲林里（竹圍仔），主祀慚愧祖師，據聞其金身是明末清初來臺，擁有超過300年香火的歷史，歷經各時期的變遷，是維繫大竹圍庄地區的重要信仰中心。三元宮的建廟年代約在日治初期，此地位處進入內山的前山第一城，是早年從斗六門前往後山的必經之道，以雲林坪九十九崁八通關為起點，前山路直往竹山竹圍仔，即為當地的宗教信仰中心三元宮，由於慚愧祖師神威顯赫、有求必應，因此在竹山地區深受信眾的信賴與尊敬。

慚愧祖師在臺灣的另一重要神格是醫神，不論是在山區或平地的祖師公 廟，都長期廣泛地流傳慚愧祖師專擅開方醫診的神蹟，連竹山鎮雲林里的三元宮也不例外。清光緒20年(1894)倪贊元所寫的《雲林縣采訪冊》，已提及林圯埔當地的慚愧祖師信仰。文曰：「祖師廟：在林圯埔下福戶，祀三坪祖師。街眾於每年11月6日演劇祀壽。」由此可見，這一天是慚愧祖師聖誕千秋慶典佳期，除有祈安植福誦經禮讚法會外，同時辦理多項參拜祝壽禮儀，以表對祖師虔誠之心。