集集永昌宮主祀是玄天上帝，尚祀有城隍爺與包公，早年因為信徒有許多陰間事須請示神明處理，因此在建廟之初就奉請兩位主司判案之神尊為民服務。但因廟內乩身於廟中受訓時，常受到城隍辦案時伴隨出入的這些無主靈氣的影響，因此決議先將城隍及包公請到虎邊專祠供奉，至1989年永昌宮重建時再加蓋城隍祠。

另一則靈驗傳說則是發生在日治時期昭和6年(1931)前後，當時帝爺會代天巡狩至水沙連各地，因外出遶境時會將廟門鎖上，某天帝爺忽然感應到祖廟被邪魔作法而失火，雖有楊家的阿婆發現卻被鎖困於廟門之外，但阿婆卻親眼看見一隻大蝙蝠拍動著翅膀，將廟內案桌上的火苗撲滅，事後卻無人見到這隻蝙蝠的蹤影，因此眾人即認為這是帝爺顯靈特派蝙蝠來滅火，這個案桌至今仍可見到當時火灼的痕跡。