因舞鶴村人口稀少，臺東線鐵路拓寬工程完工前，臺灣鐵路管理局便已決定舞鶴不設站營運。直至2005年（民國94年），時任鐵路局局長徐達文巡視時，認為瑞穗至三民間的路線過長，應加設一個交會站以提高列車運轉效能。臺灣鐵路管理局便將舞鶴站的原有月臺拆除，另鋪設一股道以便列車待避。自此，舞鶴站蛻變為舞鶴號誌站，隸屬瑞穗站管理。日後，隨著新自強隧道的完工啟用（為花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫中的一環），鐵路路線變更，亦採雙軌化設計。至此，舞鶴號誌站的原有功能全然消失，有關當局遂於2017年（民國106年）9月26日裁撤本站。