南平站的前身為林田驛，創立於1915年（大正4年）9月16日，設站緣由與總督府在當地成立的林田移民村有關。林田移民村為總督府在花蓮開辦的第三個官辦移民村，另外兩個移民村分別為吉野（今吉安鄉）與豐田（今壽豐鄉豐裡村、豐坪村、豐山村）。戰後，中華民國政府將當地地名由林田改為南平。但直至1962年（民國51年）12月5日，才將站名改稱為南平。木造站房修建於1958年（民國47年）。1978年（民國67年）7月1日，臺東線鐵路進行拓寬工程，站房翻修成水泥建體，工程並於1982年（民國71年）完工。日後，因花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫施作，南平車站在「花東鐵路效能提升計畫」下進行站房翻修，工程並於2014年（民國103年）7月9日竣工。圖中即為修建於1958年（民國47年）的木造站房，東拓施工後拆除改建為水泥建體。