1982年（民國71年），臺東線鐵路開拓竣工。東拓後，溪口站拆除了原有的木造站房，新站房仍在路面上，為一新式的水泥建體，站房並於1979年（民國68年）竣工。由於新路線設計成河底隧道，因而進站後須再經階梯下切步行至站場月臺。月臺與站房約有10公尺左右的高度落差，形成溪口車站站房與公路、村落同高，但月臺和鐵軌路段皆位於路平面下方的情形。新的河底隧道完工後，雖解決了坡度造成的列車行駛困擾，但也使得溪口失去了原先的列車交會功能，加諸搭乘人少，臺灣鐵路管理局便於1986年（民國75年）3月24日將溪口站降為招呼站，並交由豐田站管理。日後，因花東線鐵路瓶頸路段雙軌化暨全線電氣化計畫施作，溪口段路線再次東移之外，並另外新建新的雙線河底隧道，此舉亦使得原先位於隧道北口的溪口站變成位在了隧道內。但因溪口站乘車人數稀少，有關當局遂於2013年（民國102年）11月14日新溪口隧道啟用的同時裁撤溪口站。